Зимние маршрутные учёты – один из основных этапов оценки численности фауны заповедника. Традиционно эта работа стартует в середине февраля: к этому времени обычно спадают суровые морозы и звери активнее перемещаются по тропам. Кроме того, у многих животных начинается гон, что тоже способствует повышению активности. 

Зимний маршрутный учёт длится два дня. В первый (день «затирки») затираются все оставленные на снегу следы животных, звериные тропы засыпаются снегом. Во второй (день учёта) отмечаются и записываются все вновь появившиеся следы животных с указанием вида, направления движения и количества животных, пересёкших маршрут. После камеральной обработки карточек, заполненных в процессе полевых работ, для каждого отмеченного вида определяется среднее количество пересечений следов на 10 км маршрута по свойственным ему угодьям. Это позволяет оценить численность некоторых группировок животных, обитающих на территории заповедника. Кроме количественных данных во время зимнего маршрутного учёта сотрудники заповедника получают информацию о поведении животных и их территориальном распределении.

Учётные работы продлятся до конца февраля. За это время научные сотрудники, государственные инспекторы и члены Русского географического общества (представители Хакасского республиканского отделения), принимающие участие в учётах, пройдут 14 маршрутов общей протяжённостью более 150 км.

Систематическое проведение работ позволяет дать оценку численности основных видов млекопитающих, а сравнение данных даёт представление об изменении состояния группировок отдельных видов животных.